Vegan-Vejeteryan  beslenme ile mikrobiyota diyeti arasındaki ilişki, bağırsak sağlığı ve genel metabolik denge açısından oldukça güçlü ve olumlu bir bağa sahiptir.

Mikrobiyota Diyeti ile bağırsak mikrobiyal çeşitliliği artar, bu da daha güçlü bir bağışıklık sistemi ve daha dengeli bir metabolizma anlamına gelir. Sonuç olarak daha düşük inflamasyon, daha iyi bağırsak geçirgenliği, daha dengeli bağışıklık yanıtı gözlenir. Vegan yada Vejeteryan beslenme, doğru planlandığında mikrobiyota diyetinin doğal bir uzantısıdır.