Bağırsak mikrobiyotası, sindirim dışında bağışıklık, hormon dengesi ve iltihap kontrolü üzerinde doğrudan etkilidir. Tiroid bezinin çalışması da bu mekanizmalarla yakından ilişkilidir.

Bağırsak bakterileri, yediğimiz besinlerden iyot, selenyum, çinko ve demir gibi tiroid hormonlarının üretimi için gerekli minerallerin emilimini etkiler. Dengesiz mikrobiyota (disbiyozis), bu besin maddelerinin emilimini bozarak T3 ve T4 hormonlarının sentezini azaltabilir.

Tiroid hastalıklarının çoğu (örneğin Haşimato tiroiditi veya Graves hastalığı) bağışıklık sistemi kaynaklıdır.

Dengesiz mikrobiyota → kronik inflamasyon → otoimmün tepkilerin artması → tiroid dokusuna saldırı şeklinde özetleyebiliriz.

Özellikle Lactobacillus ve Bifidobacterium gibi türlerin azalması, Haşimato riskini artırabilir.